お世話になっております。
私も蒼鷹さんと同じ状況が発生しております。
1のランチャー、ファイル一覧から管理ファイルを開くと読み込みが終わらないのは全く同じ現象なのですが、
2のウィンドウの位置設定に関して若干違う部分がありますので、
こちらに関してご報告いたします。
蒼鷹さんと同じように
デュアルモニタ（デスクトップモニタ（メイン）A、液タブ（サブ）B）を使用しております。
私の使い方はすべてのウィンドウをBに並べるといったもので、
ウィンドウが独立しているものはカラーサークル、ツールのみになっており、
他のウィンドウはメインウィンドウにドッキングしています。
蒼鷹さんのように現状PAINTを起動すると、
毎回メインウィンドウはAに全面表示されますが、
カラーサークルやツールなどウィンドウが独立しているものは
Bに位置が記憶されて残ったままになっております。
（メインウィンドウをBに移してやっと通常の作業ができる状態）
これは現在だけでなく、過去にもときどき起こっておりました。
環境はバージョン1.9.1、EX、Windows 7 です。
併せてご確認いただければと思います。
よろしくお願いいたします。