自己解決したので報告です。
1.91由来ではなく、PC・ipad併用時におこりうる現象（仕様）とのことで
「対応しない要素」にあたる1.5互換の３Dレイヤーを削除したところ
編集が可能になりました。
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この仕様への懸念は、1.5以前からのPc版利用者がipad版へ「完全移行」した場合です。
PC版が利用できてこそ対処できる「仕様」なため
PC版の利用をやめてしまった場合に、
ほんの数年前のclipデータが利用できなくなる状況が容易に想像できます…。
商業・同人誌関わらず、何年も前のデータを編集する状況はあります。
また、ipad版のみでアシスタント業をおこなう人にとっては
致命的な仕様だと考えます。
（作家側に３Dの利用状況を変えてもらわないと仕事ができない状況がありえます）
ipad版が利用しやすいからこそ遭遇する「エラー」になりかねませんので
（これは仕様というよりエラーにちかい現象と感じます…）
ぜひ、1.5互換３DについてもPC版と同様の動作ができるように、
もしくは
せめて非対応３D以外の編集は通常通り可能なように、
迅速な改良をいただけるようお願いいたします。