ご不便をおかけして申し訳ございません。
こちらでも表示レイヤーと非表示レイヤーを複数選択した状態で
変形操作を行った際に、非表示レイヤーが変形対象に含まれない
現象が再現することを確認いたしました。
本現象については、今後のバージョンにて修正対応をさせて
いただきます。
恐れ入りますが、現状の回避策としましては、以下のいずれかの
方法にて現象を回避いただけますと幸いです。
・選択範囲ツールなどで変形したい範囲に選択範囲を作成いただいてから
変形をしていただく。
・[CLIP STUDIO PAINT]メニュー→[環境設定]を開き、[コマンド]を選択後、
[ラスター・ベクター・選択範囲のストック・レイヤーマスクのみ対象]の
チェックを入れていただく。
お手数をおかけいたしますが、よろしくお願いいたします。