御存じと思いますが、例えばオートアクションが不完全な場合、何が不具合なのかを確認するために、一旦「実行切り替えチェック」の全部を外して頭から一つずつチェックを入れて動作確認をして、次のコマンドにチェックを入れてそこから実行…の繰り返しで不具合を見つけたりします。
将来は知りませんが現行のオートアクションは Photoshop のアクションにある様な「中止コマンド」が無いので暴走を止めるのに、滅多に使わないコマンドで「設定切り替えチェック」が選択できるものなら内容は何でもよいので「仮の中止コマンド」として止めたい個所に挿入しておきます。
入力待ちになるので実際に実行するのではなく、そこでキャンセルします。
問題が見つからなければ「仮の中止コマンド」を次の怪しいコマンドの近辺にドラッグ＆ドロップして続きを確認するとか…。
以下の画像にある様なセットを仕込んでおいて、必要な時に「オートアクションの追加」ボタンに重ねて複製を作って目的の箇所までドラッグ＆ドロップします（かなり面倒な場合もあって途中で手放しそうになる）
同じコマンドが複数あるのはパレットをスクロールした時に見つけ易くする便宜的なもので深い意味はありません。
最終的にデバッグが完了したら「仮の中止コマンド」は削除しておきます。
代案と言えるほどのものではありませんので、あなたの要望を邪魔する意図はありません。
それから「複数のコマンドを削除・移動する際…」は、Shiftキーまたは、Ctrl (command)キーで複数選択が可能です。