こちらはコミックスタジオで作成した画像を取り込める形式で保存→CLIP STUDIO PAINTで修正したい。
という解釈でよろしいでしょうか？
この場合、コミックスタジオで保存する際に、
書き出し(W)→画像ファイル（ピクセル・寸法指定どちらでもＯＫです）
これで【画像のエクスポート】というウィンドウが出ますので
下の方にある【ファイルの設定】で種類のコンボボックスをPhothoshopにします。
その横にある設定をクリックすると【Photoshop設定】というウィンドウが出ますので、
【レイヤーの構造を維持して出力する】にチェックを入れて【OK】
この設定で更に【画像のエクスポート】画面で【OK】で任意の場所に書き出したPhotoshop形式ファイルを
CLIP STUDIO PAINTで【ファイル(F)】→【開く(Ctrl+O)】で読み込んで下さい。
これでコミックスタジオで作った各レイヤーをそのまま開けるはずです。
別に、色を塗るだけで良い場合は、読み込んだ画像をレイヤーの一番上に置いて
レイヤーの合成モードを乗算にして下にレイヤーを作って塗っていけば普通に塗れます。
こんな感じで大丈夫でしょうか？