２について賛成です。イラスタでは項目として「新規レイヤーフォルダ」と「レイヤーフォルダ化」と分かれていて現在クリスタは前者しかありません。いちいちフォルダを作った後任意のレイヤーを中に移動しないとならずとても手間です。
レイヤーパレットに以前と違ってさまざまな種類のレイヤーが一緒くたに入る仕様上、またクリッピングなどでフォルダを作る機会が多くなっているのにこれでは非常にわずらわしいと感じています。
また、このままではアクションが搭載された際にフォルダを作った後アクションを停止してフォルダ内に移動とかさせないといけない場合も考えられ不都合が出てくると思います。
レイヤーフォルダ化の機能をなるべく早く搭載していただけるようお願いします。
１につきましては私個人的には賛成でイラスタではアクションで似た挙動を組んでいましたが、damarunさんのように不要な方も多くいらっしゃると思いますので環境設定で選べるようになるとよいと思います。
またもし可能でしたら、レイヤー名だけでなく不合成方法もレイヤー作成のときのように選べるとよいと思います。（環境設定で通過か通常いずれかがデフォになるか選べればなお良しです）
自分はほとんど連打に近い形でレイヤーを生成するので
ダイアログが出てくると手が止まってしまいます。
なのでベクターレイヤーの初期設定などもどこかの設定に
組み込んでいただけるよう要望いたします。
その上でダイアログのＯＮ／ＯＦＦを選ばせてください。