脇から失礼します。
1.0.3で「サブツールアイコンの色」が変更できるようになったのはいいのですが、それが反映されるのは
「ツールパレットにおいて、そのサブツールの所属するツールのアイコンの色」
だけというのは余り意味が無いように思えます。
アイコン色をつけたいと言うのは、サブツールパレット上で多くブラシが表示されているときに視認しやすくするためのものであると思います（少なくとも私はそうです）ので、サブツールパレット上のタイル背景色などでも表示されないというのはちょっとどうでしょうか。サブツールで表示形式にアイコンがあるのなら意味があるとは思いますが現状ありませんから。
あと、サブツールグループの色が、所属するサブツールのなかで最後にアイコン色を設定したサブツールの色に固定されてしまうようです。バグかもしれませんので検証お願いします。