追記になりますが、統合など難しいようでしたらせめて
レイヤー検索パレットでのチェック状態をプリセットとして保存できるようにしてほしいです。
（たとえば定規＋選択ストック＋補正レイヤー＝プリセット１、と言う具合に保存して「すべて」の下に表示）
いちいち探して一個一個チェック入れるのは手間ですので、ぜひともご検討お願いします。
レイヤーの合成状態でも絞り込めれば便利かもしれません。（乗算影に使っているレイヤーのみ表示したいとか）
それと空レイヤーを削除するのに便利かと思いますので、「何も描いていないレイヤー」を抽出、
クリッピングもとになっているレイヤーを抽出、ふちオプションのついてるのを抽出などいかがでしょうか。
ソートが出来るなら名前順でソート、（もしできるのなら）レイヤー作成順にソートなども…
改良しだいでレイヤー検索はかなり便利な機能になると思いますのでよろしくお願いします。