このアプリケーションがコミックスタジオの後継でもあるなら、必須の機能だと思います。
(自分もクリペLabの時に同様の要望を出したことがあります)
現在の単色レイヤーのような多階調のアルファチャンネル(透明度)をもった物では完全な代替には成り得ません。
それはそれとして、今現在できる対処として、編集→色調補正→2値化 を行うと
レイヤーの透明度が消し飛ばすことができるようです。
単色レイヤーならこれをするだけで、
カラーorグレーのレイヤーならこれを行った後に透明度保護して黒で塗りつぶせば完全な2値状態にできるので、
コミスタに持っていく前に該当レイヤーに適用すれば凌げるかもしれません。
横レス失礼しました。
ていうかこの2値化もちょっと変ですよね…透明度は保持して色情報だけを2値化するのが普通だと思うんですが