野桜さまこんばんは。朧月夜に舞う胡蝶と申します。
横から失礼します。
線画に色を塗ることができないとのことですが、添付されたスクリーンショットを見る限りでは
用紙レイヤが非表示であるにもかかわらず線画レイヤの余白 （背景） が白になっていますので、
この白塗りが邪魔して着色できない
（余白の白塗りで隠れてしまって色を塗っても見えない） のではないでしょうか。
ですので、この線画レイヤの余白を「編集」→「輝度を透明度に変換」で
透明にすることで着色ができるようになるかと思います。
それともし「輝度を透明度に変換」の結果、
線が半透明になってしまった （透明部分のチェックが透けて見えてしまう） 場合は
この線画レイヤを何枚かコピペして補強するか、
「マジックワンド（編集レイヤのみ参照）」の色の誤差を20ぐらいまで上げて線画を選択、
この状態で新規レイヤを1枚作製して黒などの任意の色で塗りつぶすといった方法で色を濃くしてあげてください。
（ただ、マジックワンドを使用する方法の場合、（色の許容誤差の数値にもよるでしょうが）
アンチエイリアス部分まで塗りつぶされてしまって二値化したようになってしまいますから、
必要でしたら「フィルタ」→「ぼかし」の「スムージング」や「ガウスぼかし」などで
アンチエイリアスを復活させてください）
ちなみにマジックワンドについては「マジックワンド（編集レイヤのみ参照）」ではなく
新規に「同じ色を選択」を作られた方がなにかと便利かと・・・（個人的にそう思うだけですが＾＾；）
作り方は簡単で、
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①サブツールパレット左上のメニューから「カスタムサブツールの作成」を選択
②ツール名を「同じ色を選択」に変更
③「選択範囲」の「作成方法」を「新規作成」に
（初期状態で「新規作成」が選択されていますので、他のものに変えていなければそのままで構いません）
④サブツール詳細「参照先」から「複数参照」（参照先は「すべてのレイヤ」）、
「下書きを参照しない」、「線画を参照しない」にそれぞれチェックを入れる
（これ以外の「隣接ピクセルをたどる」などのチェックはすべて外す）
以上です
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イラスタの「マジックワンド（同じ色を選択）」を参考にしてみましたが、
これでおおよそイラスタのものと同じような挙動になりますので
よろしければぜひ一度お試しになってみてください。
以上、取り留めもないことをだらだらと述べてきましたが、少しでも参考になりましたら幸いです。
それと乱文失礼いたしました。