当方もこの現象で悩んでいます。
現時点での最新版の Version1.2.3 を使っていますが、まだ未修正ですね。
参考資料などを別アプリで起動して見ている場合、
ClipStudioとの画面切り替え時に、この現象がよく発生して困っています。
修正を望みます。。。
回避策としては、Shit+Tabを2回押してメニューバーを非表示にした状態では、メニューバー自体が消えるのでこの現象は発生しません。
[ウインドウ→タイトルバーを隠す]。[ウインドウ→メニューバーを隠す]でも同様の作業が可能です。
修正されるまでは、この苦し紛れの回避策をお試しあれ・・・。
また、ご不便をおかけしており申し訳ありません。
ご指摘の現象をこちらでも確認いたしました。
原因調査の上、今後のアップデートでの対応を検討してまいります。
なお、こちらにつきましてはパレットなどのUI上をクリックしていただくことで、
メニューバーにフォーカスされないようになると思われますので、お試し
いただくようお願いいたします。