整理したいのですが、ベクターレイヤーで消しゴムを使用したあとに結合などをすると消した部分が他のレイヤー(結合に使用したレイヤー)の描画もろとも消えるということでしょうか?
バージョン表記がないので推測なのですが、消しゴムを使用した時に透過ベクター線が発生したのではないでしょうか(1.0.0付近ではその現象が発生していたような……)
もしくは透明色のペンで消しゴムのように使用していたなど……(最新版では問題無さそうですが)
サポート様が原因の割り出しがしやすくなるように最低限バージョン表記だけはしたほうがいいですよ。
確認方法
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