bodyhatさまこんにちは。朧月夜に舞う胡蝶と申します。
横から失礼します。
ご要望のうちレイヤのファイル書き出しについてですが
各レイヤごとにpng形式などでバラバラに保存されたいとのことでしたら
現在のクリスタでも書き出したいレイヤだけを表示し他をすべて非表示にした状態で
「別名で保存」や「指定の形式で保存」でpng形式などを指定して保存することでお望みの結果が得られるかと。
（これが自動で全レイヤをバラバラに保存する機能
（たとえば「レイヤのファイル書き出し」というコマンドがあり、これを選択することで自動で
保存先にその作品を構成するレイヤが全てpng形式などで保存される、
もちろん作品が100枚のレイヤで構成されているのであれば保存先には100枚のpngファイルが揃うことになる）を
お望みとのことでしたらまた話は違ってきますが・・・）
ちなみに残したいレイヤの目玉アイコンをAltキーを押しながらクリックすることで
そのレイヤだけを残して他のレイヤをすべて非表示にすることが可能です。
（この操作で非表示となったレイヤを表示状態に戻す場合もやり方は同じで、
表示中のレイヤの目玉アイコンをAltキーを押しながらクリックすることで
再度すべてのレイヤを表示することが可能です。
以上、参考になるかどうかも分かりませんが、少しでも参考になりましたら幸いです。
それと乱文失礼いたしました。
・バッチ（自動処理機能）の実装も、可能ならご検討ください！