ペン・ブラシツールの設定変更が保存されない

ペンやブラシの変更が保持されない、とのことでございますが以下の
[サブツールをロックする]オプションが有効になっていないかご確認下さい。

赤枠のアイコンが押されている状態（スパナアイコンの周囲がグレー）では
「サブツールをロックしたとき」のブラシサイズを保持します。
この場合はツールを変更するとロックした時の設定値に戻ります。

■サブツールをロックする [有効]


■サブツールをロックする [無効]


上記で改善がない場合は、以下の手順をお試し下さい。

お手数ですが、下記の手順にてCLIP STUDIO PAINT PROが正常に
動作するかどうかご確認下さい。

※CLIP STUDIO PAINT PROのシリアルナンバーが必要となりますので、
　お手元にご用意の上で操作をお願いいたします。
※CLIP STUDIO PAINT PROを起動されている場合は、操作の前に
　終了して下さい。

以下にご案内する2つのフォルダをデスクトップに移動して頂いた上で
初期化起動をお試し下さい。

・[CLIPStudioPaintVer1_0_0]フォルダの場所について
起動ディスク/ユーザ/(お客様のユーザ名)/書類/CELSYS/CLIPStudioPaintVer1_0_0

　【[CLIPStudioPaintVer1_0_0]フォルダを削除時に消去される項目】
　[CLIPStudioPaintVer1_0_0]フォルダを削除されると、ペンなどのツール設定
　やお客さまが作成されたマテリアル素材がクリアされ、これらが
　インストール直後の状態に戻り、お客さまが設定されたペンなどのユーザー
　設定が消去されます。

・[CLIPStudioPaint]フォルダの場所について
起動ディスク/ユーザ/(お客様のユーザ名)/ライブラリ/Application Support/CELSYS/CLIStudioPaint

　【[CLIPStudioPaint]フォルダ削除時に消去される項目】
　[CLIPStudioPaint]フォルダを削除されると、環境設定の内容及びウィンドウ
　位置の設定、シリアルナンバーの情報などが失われるため、[CLIPStudioPaint]
　フォルダ削除後の初回起動時には、シリアルナンバー認証が再度行われます。

※MacOSX 10.7、10.8において、ユーザ配下の[ライブラリ]フォルダは
　デフォルトでは非表示になっております。
　[ライブラリ]フォルダを表示させるには、Finderで[option]キーを押し
　ながら、[移動]メニューを選択すると、[ホーム]の下に[ライブラリ]が
　表示されるので、こちらをクリックして下さい。

■CLIP STUDIO PAINTの初期化起動
１．CLIP STUDIO PAINTが起動している場合は一旦終了します。

２．[Shift]キーを押しながら、CLIP STUDIO PAINTのショートカット、
　　またはアプリケーション本体をダブルクリックして起動します。

３．[初期化起動]画面が表示されるので、[すべて選択]ボタンをクリックし、
　　すべての項目にチェックが付いているのを確認の上、[OK]ボタンをクリックします。

４．「選択した項目を初期化します。よろしいですか？」と表示されるので、
　　[OK]ボタンをクリックします。

５．CLIP STUDIO PAINTが起動するので、動作をご確認下さい。

今回デスクトップに移動を行ったフォルダを再度読み込む場合は、それぞれ
のフォルダを元の階層に上書きコピーを行って下さい。
なお、[CLIPStudioPaintVer1_0_0]フォルダや[CLIPStudioPaint]フォルダに問題が
あり、今回の現象が発生している場合は、元に戻すことで再度問題が発生する
可能性があります。
その場合は、元の設定に戻すことはできませんので、改めてカスタマイズして下さい。

また、セキュリティソフトをご使用の場合は、以下の3つのフォルダを除外設定
にして頂けますようお願いいたします。
セキュリティソフトの設定方法は、ご使用のセキュリティソフトウェアメーカー様へ
ご確認をお願いいたします。

起動ディスク/アプリケーション

起動ディスク/ユーザ/(お客様のユーザ名)/書類/CELSYS/CLIPStudioPaintVer1_0_0

起動ディスク/ユーザ/(お客様のユーザ)/ライブラリ/Application Support/CELSYS/CLIStudioPaint

またCLIP STUDIO PAINT PROの最新版は現在1.1.1になります。
下記のページからアップデータをダウンロードして適用して頂けますようお願いいたします。

■CLIP STUDIO PAINTアップデータ ダウンロードページ

以上、お手数ではございますが、ご確認頂けますようお願いいたします。

ご返答ありがとうございます。
こちらに書き込む以前も[サブツールをロックする]オプションを有効にしていたのですが、改善はされませんでした。
アプリケーションもアップデートして初期状態に戻してみましたが結果は同じでした。

[カスタムサブツールの作成]からツールの設定を行い、起動中はロックしても初期設定に登録しても保持されているのですが
アプリケーションを終了して立ち上げた時には消えてしまいます。
元々こういう仕様なのでしょうか、こちらの操作が間違っているのでしょうか…

CLIP STUDIO PAINTでカスタムした設定は、以下の設定フォルダに保存しております。

■製品バージョン1.0.3まで
・[CLIPStudioPaintVer1_0_0]フォルダ
起動ディスク/ユーザ/(お客様のユーザ名)/書類/CELSYS/CLIPStudioPaintVer1_0_0

■製品バージョン1.1.0以降
・[CLIPStudioPaintVer1_1_0]フォルダ
起動ディスク/ユーザ/(お客様のユーザ名)/書類/CELSYS/CLIPStudioPaintVer1_1_0

アプリケーションを再起動すると設定した内容がリセットされてしまう場合は、上記の
設定フォルダへのアクセスが正常に出来ていない可能性があります。

セキュリティーソフトをお使いの場合は、リアルタイムスキャンにより設定フォルダへの
アクセスが遮断してしまっている可能性があります。

また、アクセス権に問題が発生している可能性がありますので、OS標準のディスク
ユーティリティでアクセス権の修復を実施して改善するかお試しください。

なお、ディスクユーティリティーは、[command+shift+U]でユーティリティーフォルダが
開きます。こちらの「ディスクユーティリティー」を起動しアクセス権の修復をお試しください。

アクセス権の修復を実施しても改善しない場合は、新規に管理者権限のアカウントを作成し
そちらで設定情報が保存されるかご確認をお願いします。