アイコンの位置が入れ替わっているとのことですので、アイコンそのものの
位置が入れ替わっているか、選択中のサブツールのアイコンが変更されているかの
どちらかかと思われます。
それぞれ下記の内容をご確認いただき、該当する方を実施していただければと思います。
■アイコン位置の入れ替え
ツールパレットでペンのアイコンを選んだ際、サブツールパレットに、
[Gペン][丸ペン]などの通常のペンツールが表示されている場合ですと、
単純に筆とペンのアイコンの並びが変わっている状態と思われます。
その場合、ツールパレット上でアイコンをクリックしたままドラッグすると、
位置の変更ができるので、そちらで並び替えをして頂ければと思います。
※ドラッグ時に、赤い線が表示されるところで離すと、そこに入れられます。
■サブツールアイコンの変更
サブツールパレットに表示されているブラシには、それぞれアイコンが
設定されており、このアイコンがツールパレット側にも反映されます。
例えば、ペンツールのサブツールパレット内に、筆のアイコンが設定された
ブラシを入れていて選択している状態の場合、ツールパレット側でも
一時的に筆のアイコンが表示されるということになります。
そのため、お手数ですが現在選択中のサブツール上で右クリックをし、
[サブツールの設定]を選択して、ダイアログで[ツールアイコン]を
ご確認ください。
ペンなのに筆になっているといった場合、[ペン]を選択し直してください。
なお、CLIP STUDIOで配信されている素材には、制作者により様々なアイコンを
使用している場合がありますので、素材をダウンロードしてきている場合は、
アイコンの状態をご確認ください。
上記をご確認の上、いずれとも異なる状態である場合、恐れ入りますが更に詳細を
確認させていただきたいため、パレットのキャプチャなどをいただければと思います。