保存時にエラーなどのメッセージが表示しますでしょうか。
なお、以下のようにファイル名の後に「*」マークが表示していると、上書き保存前で、
上書き保存が完了すると、「*」マークが表示しなくなります。

お手数ですが、[Ctrl+S]が正常に動作しない詳細なご案内のために、以下の点に
つきましてご連絡をお願いします。
・[Ctrl+S]を保存した際に、エラーなどのメッセージが表示する場合は、
メッセージ内容をご連絡ください。
・作品データの保存場所をお知らせください。
※データの保存場所にお客さまのアカウント名が含まれる場合は、○○と
伏字でご連絡ください。また、デスクトップなど保存場所を変更した際の
動作をご確認ください。
・ペンタブレットをお使いの場合は、型番とドライババージョンをご連絡ください。
・USBキーボードや外付けHDDなど、USBに接続している機器がありましたら、
ご連絡ください。
・セキュリティーソフトをお使いの場合は、ソフトウェア名とバージョンをお知らせ
ください。
ご迷惑をお掛けしますが、よろしくお願いします。



保存中に何かキーを押してしまうとクリスタがホワイトアウトしてかたまります。一応保存はできてるようですが、安定した動作で視覚的に保存をきちんと確認できるようにして欲しいですね。心配で安心して使うことができないです。
また、ファイルを読み込む時もダイヤログが出る時と出ない時があります。