ご不便をおかけし、申し訳ありません。
テキスト系ツールの選択時に、ショートカットが使用できなくなるということで
よろしいでしょうか。
恐れ入りますが、具体的にどのような操作を行っているときに、
どのショートカットが効かなくなっているか、詳細を記載いただければと思います。
例:フキダシペンツールを選んでいるときに、Ctrl+Zのアンドゥが効かない
また、一つのレイヤーに複数のフキダシを作った場合ですが、
[操作]ツールの[オブジェクト]サブツールを選択し、フキダシ上を
クリックすると単体で選択状態になります。
選択した状態でDeleteキーを押してフキダシを削除できますので、
お試しいただけますと幸いです。