不透明度を下げた状態だと、ご申告の通り背景が透けてしまいます。
そのため、不透明度を下げたレイヤーを色取得用のレイヤーとして別途用意し、
そこに使用する肌などの色を塗っておいて、スポイトで色を取得し、
不透明度が100%のレイヤーで着色をしていただくのがよろしいかと思われます。
スポイトツールの、[表示色を取得]サブツールを使うと、不透明度は保持せずに、
見た目の色のみを取得できますので、薄い色を不透明度100%で描画できます。
あるいは、キャラクターの線画の内部にあらかじめ白い下地を塗っておき、
その上に不透明度を下げたレイヤーを用意して彩色し、あとから統合する
方法もございますので、それぞれお試しいただければと思います。
なお、この掲示板はCLIPサイト全般の掲示板となりますため、
恐れ入りますがCLIP STUDIO PAINTの掲示板に移動を
させていただいてもよろしいでしょうか。
ご確認をお願いいたします。