以前のスレでも似た話がありましたが、仕様とのことです。
CLIP STUDIO PAINTの作品ファイルでは、
lipファイルのナンバリングがページ番号と必ず一致しているわけではありません。
私も全１８ページの漫画で単ページ状態の１６，１７ページ目を見開きにした結果、
page0017.lipが削除され、page0016.lipのみの状態になりました。
その状態で１９ページ目を新規作成した時、page0019.lipではなくpage0017.lipが作成されました。
要するにページの順番ではなくファイルを新規作成した順番に
ナンバーをつけているのではないでしょうか。
サポート様
現時点でページをコピーする際に非常に時間がかかるようですので
実装は難しいと思われますが、ファイル名とページ番号を対応させる仕様について
ご検討頂けないでしょうか。
激重を承知の上で使う人向けに最適化みたいな特別な保存方法があればいいと思います。