まず、PSDのレイヤー手動統合のみにする案ですが、フォトショップ等を持っていないユーザーは「一括書き出し」しか統合PSDを書き出す手段しかなくなり、不便になるのではないでしょうか。
また、「指定の形式で保存」 と 「画像を統合して保存」表記ですが、
自分が今からしたい事、レイヤーを統合するかしないか、を明確に目的としてもって、保存方法を選択するわけですから選択肢の表示としては、適した物だと考えます。
また、Lipを作業終了後破棄するとおっしゃっていますが、バックアップの意味も込めて、作業ファイルは保存するのをお勧めします。残しておけば、ある程度は防げる事故ではないですか?
それなら機能を損なわずにミスも防止しやすいかと思われますが、いかがでしょう?
間違える方が間抜けというのはごもっともですが、間抜けにも安心して使える様にしていただけると個人的にはありがたいです。