ご不便をおかけし、申し訳ございません。
消えてしまったショートカット設定は、[ファイル]メニュー→
[ショートカット設定]でカスタマイズしたものでしょうか。
恐れ入りますが、弊社にて同様の現象が確認できませんでしたので、
詳細の調査のため、下記についてご連絡いただけますでしょうか。
・Intuosペンタブレットの型番とタブレットドライバのバージョン
・Bambooペンタブレットの型番とタブレットドライバのバージョン
・タブレットドライバを入れ、CLIP STUDIO PAINT起動直後に
すでにショートカットが消失していたか。
お手数ですが、ご確認をお願いいたします。
失礼しました。