不透明度の違うレイヤーの結合不可について

1.2.3以降、不透明度の違うレイヤー同士が統合できなくなってしまいました。ベタをトーン化→トーンはトーンだけで１つのレイヤーにどんどんまとめていっていたので、増え続ける不透明度の違うトーンレイヤーにストレスを感じています。線画レイヤーを一時非表示にして「表示レイヤーを結合」にすれば１つにまとまりますが、以前は「下のレイヤーと結合」ボタン一つでどんどんまとめられていたのでとても作業がスムーズでした。どこかで「不透明度の違うレイヤーも結合する」と設定できるのでしょうか？「モノクロ」はこのままでも大丈夫ですが「カラー」や「グレー」がこの仕様では相当不便を感じます。