正常なカラーセットのスクリーンショットについてはに関しては、
頂いた画像では確認ができませんでしたが、以下のような表示状態
でしょうか。

こちらでいただいた[自分用カラーセット]のデータを読み込み確認
いたしましたが、問題なく読み込める状態でございました。
お送りいただいた[自分用カラーセット]のスクリーンショットを
確認させていただく限り、[カラーセット]パレットの[メニュー表示]
の[表示方法]は[サイズ指定(小)]となっていらっしゃるかと思いますが
[表示方法]は[サイズ指定]についてはドックの幅に応じて1行あたりに
表示される色数が変化いたします。
念の為、以下のようにドックの境界にカーソルを合わせ、幅を一度、
一番狭くした状態から、カラーセットの状態を見つつ徐々に広げて
いただき、登録した状態にならないかご確認いただけますでしょうか。

また、ご連絡をいただいて以降確認を行っておりますが、現状では、
スタンバイ状態にした後、カラーセットの登録した内容がバラバラに
なるという状態につきましては、確認できておりません。
恐れ入りますが、一度カラーセットを新規に適当に登録をいただき、
スタンバイ状態にして、復帰する事でカラーセットに変化があるか
ご確認いただけますでしょうか。
なお、カラーセットは[Ctrl]キーを押しながらタイルをドラッグすると、
タイルを移動できますので、取り急ぎ元の状態にされたい場合は、
お手数ですが、上記操作にて元の位置へ移動していただければと
思います。
お手数ですが、よろしくお願いいたします。



現象の確認をさせていただければと思いますので、以下のデータをお送り
いただけますでしょうか。
・自作したカラーセットのバラバラになっている状態のスクリーンショット
・問題なく表示されているデフォルトのカラーセットのスクリーンショット
・[カラーセット]パレットの[メニュー表示]にて[カラーセットの書き出し]
を選択し、書き出されたファイル
⇒[カラーセット]パレットの[メニュー表示]については以下のページにて
ご説明させていただいております。
■カラーセットパレットのメニュー
なお、スクリーンショットの取得手順は以下の通りです。
1.キーボードの[PrintScreen]または[Prt Sc]とキートップに表示されて
いるキーを押します。
2.[Windows スタート]メニューをクリックし、[すべてのプログラム]の
[アクセサリ]から[ペイント]を選択します。
3.[ペイント]というアプリケーションが起動します。
4.[編集]メニューから[貼り付け]を選択します。
5.[PrintScreen]キーを押したときの画面のイメージが貼り付けられます。
6.[ファイル]メニューから[上書き保存]を選択し、デスクトップなど適当な
場所にファイルを保存します。
ファイル形式はJPEGなどを選択してください。
■宛先
セルシスユーザーサポート
tech@celsys.co.jp
件名に【要望・不具合ボード:38804】とご記載下さい。
お手数ですが、よろしくお願いいたします。