返信ありがとうございます。
説明不足があったようで、ご迷惑をおかけしましたすみません。
手順としては０から順番に回転、保存作業をし、逐一ファイルはとじておりました
０～２まではその現象はおきず、一度目は４のファイルで、
２度目は同様に作成した別フォルダのファイル３でおきました（４～６まで勝手に回転）
４のファイル保存後、次のファイル５を開こうとすると、下の２枚目の画像のように
サムネイルから既に回転状態にあり、開いてみても回転済みである、といった状態です。
もちろんその間、それ以外の作業はしていません。
下の画像どおり、作業中４のファイル以外は閉じたままです
（著作権にふれてしまうので、画像隠ししています）
該当ファイルは、「ＥＰＳＯＮ Ｓｃａｎ」で画像取り込み、ｊｐｇで保存しました。
一度保存済みなせいか、再度このフォルダで同一の作業をしても、件の現象はおきませんでした。
こちらでも７個のJPEGファイルをフォルダ内に入れ、CLIP STUDIO PAINTにて
７個のJPEGファイルを開き、その中の４つ目のファイルだけを[編集]メニューの
[時計回りに90度回転]を行って、[ファイル]メニュー→[保存]で７個のJPEG
ファイルが入ったフォルダを指定し、上書き保存を行って、CLIP STUDIO PAINTで
開いているそのほかのファイルを確認しましたが、[時計回りに90度回転]した状態
とはなっていませんでした。
また、CLIP STUDIO PAINTを終了し、フォルダ内の７個のJPEGファイルを一つづつ
確認いたしましたが、こちらも[時計回りに90度回転]を行い保存した４つ目の
ファイル以外は、[時計回りに90度回転]した状態とはなっていませんでした。
特定の操作により発生する現象の可能性がございますので、恐れ入りますが、
以下の点についてお知らせいただけますでしょうか。
・[4][5][6][7]のJPEGファイルをCLIP STUDIO PAINTで開いていた状態で
お間違いないでしょうか。
・[4]のJPEGファイルに対してだけ、[編集]メニューの[時計回りに90度回転]し
上書き保存をされたとの事ですが、それをした後、CLIP STUDIO PAINTで
同じく開いていた[5][6][7]のJPEGファイルのタブを選択して
CLIP STUDIO PAINT上で確認した所、横になっていたのでしょうか。
・冒頭記載いたしましたこちらでの確認内容とお客様が操作された内容で
異なる点がございましたら、合わせてお知らせいただけますでしょうか。
・記載いただいた「右横に並んだファイルのみ」の右横や、「下段にある」の
下段がどの表示でご覧になられているのかを確認させていただく為、お手数
ですが、スクリーンショットを撮影し、掲載いただけますでしょうか。
なお、スクリーンショットの取得手順は下記の通りとなります。
１．キーボードの[PrintScreen]または[Prt Sc]とキートップに表示されて
いるキーを押します。
２．[Windows スタート]メニューをクリックし、[すべてのプログラム]の
[アクセサリ]から[ペイント]を選択します。
３．[ペイント]というアプリケーションが起動します。
４．[編集]メニューから[貼り付け]を選択します。
５．[PrintScreen]キーを押したときの画面のイメージが貼り付けられます。
６．[ファイル]メニューから[上書き保存]を選択し、デスクトップなど適当な
場所にファイルを保存します。
ファイル形式はJPEGなどを選択してください。
お手数ですが、よろしくお願いいたします。