下描きレイヤーは本来出力を想定していないレイヤーですが、
1.2.3以前のバージョンでは別名で保存時に書き出せてしまっていたため、
1.2.7では下描きレイヤーは書き出さないよう動作を変更させて
いただいております。
そのため、下描きレイヤーも出力したい場合は、お手数ですが
ご記載いただいているように[指定の形式で保存]で書き出して
いただくか、レイヤーの下描き設定を解除して書き出しを
していただく形になります。
[別名で保存]時に設定ダイアログを表示させる件に関しては、
ご要望として承り、今後の開発にて対応を検討させていただきます。