「透明部分にのみ描画」

斗６さまこんにちは。朧月夜に舞う胡蝶と申します。
横から失礼します。

透明部分にのみ描画出来る機能をご希望とのことですが、
以下のような方法はいかがでしょう？
（最初から普通に新規レイヤを作成してこちらに描画したあとで
レイヤの位置を変更して結合したほうが早い気もしますが（笑））

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1.まずクリスタを立ち上げ、元になるファイルを開きます。




2.次に「レイヤ」→「レイヤから選択範囲」→「選択範囲を作成」を選択して範囲指定したあと
　「選択範囲」→「選択範囲を反転」を選択します。




3.あとはこのまま適当に描画したあと範囲指定を解除すれば完了です。




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それと「そのままでは蟻の行列 （範囲指定の破線の点滅） が気になって仕方がない」という場合は
以下のような方法で対応できるかと思いますのでご参考までに。

1.まず、上記説明の（2）の「選択範囲を反転」まで行います。

2.次に新規レイヤ（ラスタレイヤ）を1枚作成、
　選択範囲ランチャの「塗りつぶし」を使用して任意の色でベタ塗りしたあと
　選択範囲ランチャの「選択を解除」や「選択範囲」→「選択を解除」などで範囲指定を解除します。




3.さらに新規レイヤ（ラスタレイヤ）を1枚作成、
　「レイヤ」→「レイヤ設定」→「下のレイヤでクリッピング」を選択します。




4.あとはこの新規レイヤ2枚より上に元画像レイヤを移動させ、
　新規レイヤ2に描画を行えば完了です。
　（元画像レイヤではなく新規レイヤ2に描画を行いますので間違えないようにご注意を）




それと描画を行ったあとは元画像レイヤと新規レイヤ2をともに選択して
「レイヤ」→「選択中のレイヤを結合」することで、この両者のみをひとつに纏めることが可能です。
（下記の例では透明部分がピンクの格子模様で描画部分と紛らわしいため
半分だけ白で塗りつぶしたレイヤを背後に置いてあります）




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以上、取り留めのないことをだらだらと述べてきましたが、
少しでも参考になりましたら幸いです。
それと乱文失礼いたしました。