ご不便をおかけし、申し訳ございません。
現状弊社で10.9環境にて同様の現象を再現出来ておりませんため、
お手数ですが下記についてご確認いただけますでしょうか。
・お使いのワイヤレスキーボード、USBキーボードはいずれも
Apple製のキーボードでしょうか。
・CLIP STUDIO PAINTを起動した後、[Command]+[N]での
キャンバスの新規作成は出来ますでしょうか。
出来た場合、そちらでSpaceキーでの手のひらツールは
使用できますでしょうか。
・CLIP STUDIOシリーズのソフトをすべて終了した状態で、
書類フォルダ内の[CELSYS]フォルダを一旦デスクトップに
移動させ、CLIP STUDIOを起動して下さい。
その後CLIP STUDIO PAINTを起動して、Spaceキーなどが
効くかどうかご確認ください。
・下記のフォルダを、セキュリティソフトの監視から除外し、
アプリケーションの起動をお試しください。
※除外設定の追加方法は、お使いのソフトウェアメーカーさまへご確認をお願いします。
起動ディスク/アプリケーション/[CLIP STUDIO]
起動ディスク/ライブラリ/Application Support/[CELSYS]
起動ディスク/ユーザ/パブリックフォルダ(お客様のユーザ名)/書類/[CELSYS]
起動ディスク/ユーザ/(パブリックフォルダ)/ライブラリ/Application Support/[CELSYS]
お手数ですが、ご確認をお願いいたします。