CLIP STUDIO PAINTで作業したデータは、専用形式である[lip]ファイルとして
保存すれば、レイヤー情報などが保持された状態になります。
[ファイル]メニュー→[保存]を選択し、ダイアログで[CLIP STUDIO PAINT]を
選択すると、lip形式で保存されます。
今回はアナログ線画を読み込んで作業していたとの事ですので、
恐らく保存時に選択状態だったファイルの種類が、読み込んだ元の線画の形式に
なっており、そのまま保存してレイヤー統合された可能性があります。
PNGやJPEGなど、汎用画像形式が選択されていると画像は統合されますので、
もし注意喚起のメッセージが出た場合はファイルの種類がどれになっているか、
ご確認いただければと思います。
なお、この掲示板はCLIPサービス全般の掲示板のため、CLIP STUDIO PAINTの
掲示板に移動させていただいてもよろしいでしょうか。
お手数ですが、ご確認をよろしくお願いいたします。