レイヤー効果のみを他の1枚のレイヤーに適用させたい場合は、
下記の手順をお試しください。
1.ご記載いただいたように、効果のかかったレイヤーを
複製して、内容を消去した状態にしてください。
2.効果をかけたい画像のあるレイヤーを、そのレイヤーの
上に配置してください。
3.画像のレイヤーの方を選択状態にして[レイヤー]メニュー
→[下のレイヤーに転写]を選択します。
4.効果のかかったレイヤーに画像が転写され、ライン抽出などの
効果を有効にできます。
なお、転写すると元のレイヤーから画像が消えるので、
必要に応じてあらかじめレイヤーを複製してバックアップ
してください。
ご希望の動作になるかどうか、ご確認をお願いいたします。