こちらの件、お時間をいただいており申し訳ございません。
キャンバス外に描画領域がある場合、[画像解像度を変更]時に、
誤差が生じるケースがございます。
お客様がご記載いただいた手順だと、1001ピクセルの段階で
塗りつぶしをし、[キャンバスサイズを変更]で1ピクセル
トリミングしていますので、キャンバス外に1ピクセルの
描画領域が残っており、[画像解像度を変更]で誤差が
起きる状態です。
そのため、コピーした場合やクリップボードから作成した場合は、
キャンバス外領域が消去されるため誤差が生じません。
※キャンバス全体を選択して選択範囲外をクリアした場合は、
描画が消えても領域が残ったままになるため、この場合も
解像度変更後にずれが生じます。
キャンバス外に描画領域がある場合の誤差防止については、
今後の開発にて調査・研究に努めさせていただきます。