ベクターレイヤーでは、1ストロークの線ごとに、太さや入り抜き、
色などの情報を記憶します。
そのため、[操作]ツールの[オブジェクト]サブツールで、色を変えたい
ベクター線のみ選択し、[ツールプロパティ]から色を変更していただけます。
Shiftキーを押しながらベクター線をクリックすれば、線の複数選択ができます。
また、ツールプロパティで[透明箇所の操作]で[ドラッグで複数選択]に
チェックを入れれば、キャンバス上で囲ったベクター線を一気に
選択できます。
なお、色の変更は線単位となるため、ラスターレイヤーのように
より細かく色を変更したい場合は、ベクターレイヤーの上に別途
ラスターレイヤーを作成し、[下のレイヤーにクリッピング]状態にしてから
線の上に色を塗っていく方法もあります。
お手数ですが、上記をお試しいただければ幸いです。