横から失礼します。
＞保存をする時、上書きした際の画像形式を変えるにはどうすればいいですか？
とのことですが、一度pngなどで保存したものをjpegなど別のファイル形式に変更されたいのでしょうか？
その場合は（右クリック→「名前を変更」で拡張子（ファイル形式）を書き換えるなどの方法ではなく）
クリスタでその変更したいファイル（作品）を「ファイル」→「開く」で開いたあと
「ファイル」→「別名で保存」からファイルの種類を変更して保存されるとよろしいかと思います。
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次に
＞イラストが完成するまで、レイヤーを残しておきたいです。
とのことですが、レイヤを維持したまま保存することが出来るのは
クリスタ独自形式（lip形式）とフォトショ形式（psd形式）、フォトショビックドキュメント形式（psb）の3つだけとなります。
（これ以外のjpegやpngなどはレイヤを扱うことが出来ないため、
すべてのレイヤが結合された状態で保存されてしまいます）
また、フォトショ形式（psd、psbともに）ではベクタレイヤやテキストレイヤ、3Dレイヤなどの
クリスタ独自のレイヤをそのままの状態で保存することが出来ないため
これらを保ったまま保存したい場合はクリスタ独自形式で保存する必要があります。
それと保存の方法は上記と同じく「ファイル」→「別名で保存」で
「CLIP STUDIO PAINT」、「Photoshopビックドキュメント」、「Photoshopドキュメント」の中から
必要なものを選択して「保存」をクリックです。
以上、取り留めの無いことをだらだらと述べてきましたが、
少しでも参考になりましたら幸いです。
それと乱文失礼いたしました。
別途公開用にJPEGやPNG形式で書き出します。
.lip形式で保存してある原稿を、
他の形式で保存する場合は、
まず原稿を開いて、メニューから
[ファイル]-[画像を統合して保存]で
目的の形式を選べばOKです。
……これで回答になってます？
何が分からないのか分からないので、
現在の作業手順をもう少し詳しく
教えて頂けたらと思います。