新規レイヤーを作ると新規レイヤーに必ず模様が付く

透明部分に表示される市松模様のことでしょうか？
デフォルトで、透明部分には市松模様が表示されるようになってたかと。
（表示、なので描画されてるわけではないですよ）

マニュアル抜粋↓---------------------
透明部分を市松模様で表示する

 [用紙レイヤー]の[レイヤー表示/非表示]を非表示にすると、
透明部分が市松模様で表示されます。

透明部分の市松模様の色は、環境設定ダイアログで変更できます。詳細は『メニュー』→『ファイルメニュー』→『環境設定【Windows】』→『キャンバス』を参照してください

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レイヤーの最下層にある「用紙」を表示に、あるいは
もし「用紙レイヤー」を削除しているなら
新規レイヤーコマンドから「用紙」を作成すると
レイヤーの下に不透明の紙がしかれたような状態になり、
上に乗ってるレイヤーの市松模様の表示はなくなります。

この模様のことでなければ、なにかしらのエラーかもしれませんので
サポートさんにひきつづきご相談なさってください。

横からお邪魔いたしました。