恐らくですが、[フォルダ１]のレイヤーを作成後、[フォルダ２]を
作成するにあたり、選択レイヤーを一旦[フォルダ１]に変更するという
コマンドがアクション内に入っていると思われます。
レイヤーやフォルダの選択コマンドは、レイヤーパレット内に
同名のものがある場合は、下にあるレイヤーが選択状態になります。
ご記載いただいた手順の場合、すでに同名のレイヤー構造が
存在する状態で再生しているので、先に作られている方の[フォルダ１]が
選択状態になった上で、[フォルダ２]、[フォルダ３]が作られるため、
添付画像のようなフォルダ構造になります。
そのため、[編集レイヤーの変更]のコマンドは削除して、
代わりのコマンドとして[レイヤー]メニュー→[編集対象にする]→
[上のレイヤー]を登録してみてください。
登録すると下図のコマンド表記になります。
こうすれば、[フォルダ１]内のレイヤーを作成後に、他に同名のフォルダが
あったとしても、一つ上にある[フォルダ１]が必ず選択状態になります。
[上のレイヤーを編集対象にする]のコマンドを複製し、[フォルダ２]から
[フォルダ３]の間も、同様にしてください。
ご確認のほどよろしくお願いいたします。