ご返信有難うございます。
早速ですが、頂きました確認事項について返答させていただきます。
>・現象はMacOSX10.9のみで確認されていますでしょうか。
> 他のバージョンでも確認されている場合は、確認されたバージョンをお知らせください。
確認したのはOSX10.9以上の環境です。
OSX10.8.xの頃利用していたCLIP STUDIO PAINT EXのバージョンは1.2.x台でしたので
OSとアプリのバージョンに因る相関関係はわかりません。
>・発生頻度はどれぐらいになりますでしょうか。
> 3時間以上使用した際は、ほぼ毎回でしょうか。
Safari・PAINT両アプリを起動していると毎回といって良いほど発生します。
3時間はあくまで目安ですので、それより早い段階で発生することもあります。
>・現象が発生し始めるのはいつからになりますでしょうか。
> (例：他のアプリケーションからPAINTに戻った時に発生する、PAINT操作中に発生する等)
これは他のアプリケーションからPAINTに戻った時に発生します。
他のアプリとの同時起動時においてPAINTを使用中に
突然ツールシフトが効かなくなる、ということはありません。
>・アプリケーションを切り替える際に、行われている操作をお知らせください。
> (cmd+tab、Dock、ウインドウをクリックなど、ツールシフトを行っている途中にも
> 切り替えたりされていますでしょうか)
アプリ切り替えはウィンドウをクリックかDockアイコンで行います。command+tabは使いません。
ツールシフト中のアプリ切り替えですが、これもまず行うことはありません。
>・CLIP STUDIO PAINTを再起動しても直らないことはありましたでしょうか。
まれにPAINTを再起動しても治らないことがあります。
復帰時に再起動を試すのはSafari→PAINT→OSの順です。
>・[システム環境設定]→[キーボード]→[入力ソース]を開いた状態での
> スクリーンショットを撮って頂き、添付をお願いいたします。
了解しました。そういえばこのご質問で思い出したことですが、
入力ソース「かわせみ」を利用していた頃はこの現象は発生しておりませんでした。
「かわせみ」が10.9に完全対応していないという理由で乗り換えたのですが、
ちょうど「Google日本語入力」を利用しだした頃と当該現象の発生は重なります。
（ことえり・ATOKについては試しておりませんので分かりません）
要領を得ず恐縮ですが、引き続きご検証の程をよろしくお願いします。
以下の点についてお知らせ頂けますようお願いいたします。
・現象はMacOSX10.9のみで確認されていますでしょうか。
他のバージョンでも確認されている場合は、確認されたバージョンをお知らせください。
・発生頻度はどれぐらいになりますでしょうか。
3時間以上使用した際は、ほぼ毎回でしょうか。
・現象が発生し始めるのはいつからになりますでしょうか。
(例：他のアプリケーションからPAINTに戻った時に発生する、PAINT操作中に発生する等)
・アプリケーションを切り替える際に、行われている操作をお知らせください。
(cmd+tab、Dock、ウインドウをクリックなど、ツールシフトを行っている途中にも
切り替えたりされていますでしょうか)
・CLIP STUDIO PAINTを再起動しても直らないことはありましたでしょうか。
・[システム環境設定]→[キーボード]→[入力ソース]を開いた状態での
スクリーンショットを撮って頂き、添付をお願いいたします。
なお、スクリーンショットの取得手順は下記の通りとなります。
[Command]＋[Shift]＋[3]キーを同時に押します。
（この場合、テンキーの[3]キーではなく、文字キーの[3]キーを使います。）
デスクトップに「ピクチャ 1」などの名前の画像ファイルが生成されます。
以上、お手数ではございますが、ご確認頂けますようお願いいたします。