[他レイヤーを参照]の設定を一度初期設定に戻した際に、
塗りつぶしが出来るかどうかご確認いただけますでしょうか。
下図のボタンから初期化が可能です。
もしツールを初期化しても全体が塗られる場合、下記について
ご確認ください。
・ツールプロパティで[隙間閉じ]の数値を上げて
塗りつぶしをお試しください。
※右クリックをして[スライダー表示]にすると、より大きい
数値に設定できます。
・ツールプロパティで[色の誤差]の数値を一旦ゼロにしてから
塗りつぶしをお試しください。
なお、この掲示板はCLIPサービスの掲示板のため、
CLIP STUDIO PAINTの掲示板に移動させていただいても
よろしいでしょうか。
お手数ですが、ご確認のほどよろしくお願いいたします。