ショートカットの設定は、ご記載いただいた通りワークスペースごとに
異なる内容で登録が可能なので、ワークスペースの読み込み時に
ショートカット設定にチェックが入っていると、設定が
切り替わります。
ショートカット設定を行った後のワークスペースの登録を
していなければ、別のワークスペースに切り替えた際に
設定がクリアされるケースは考えられます。
しかし、前回に引き続きオートアクションも消えているという状況ですので、
度々お手数ですが下記についてお知らせください。
・お使いのCLIP STUDIO PAINTのバージョンは1.3.9でしょうか。
・オートアクションやショートカットが消えているのは、
CLIP STUDIO PAINTを終了し、再度CLIP STUDIO PAINTを
起動したタイミングでしょうか。
・オートアクションは、作成したセットごと消えてしまうでしょうか。
あるいは、セット内のオートアクションだけが消えたり、
アクション内のコマンドが消えるような状況でしょうか。
・[デフォルト]のセット内にオートアクションを追加した場合は
いかがでしょうか。
お手数ですが、詳細の状況についてご確認をお願いいたします。