本件、調査にお時間をいただいており大変申し訳ございません。
調査いたしましたところ、CLIP STUDIO COORDINATEと
CLIP STUDIO PAINTでFBXファイルのメッシュ読み込みの方式が
異なる関係上、CLIP STUDIO PAINTでは親子関係を正確に
読み込めない状態でした。
PAINTでの読み込みについては、今後の研究・開発に努めさせていただきます。
ご不便をおかけし申し訳ございませんが、親子関係を維持させる場合、
すでにお試しいただいているようにCLIP STUDIO COORDINATEで
保存したデータをCLIP STUDIO PAINTに読み込んでいただければと思います。
また、パーツ名が変わってしまう件につきましても、今後の修正を
検討させていただきます。