お使いのPCにセキュリティソフトはインストールしていますでしょうか。
その場合、一度PCをオフライン状態にしてからセキュリティソフトを停止して、
再度[素材データベースの再構築]と[インストール素材の初期化]を
お試しいただけますでしょうか。
また、下記の階層を開いた際に、[Alias][Install][Update][UpdateCatalog]以外に
フォルダーがあるかどうかもご確認ください。
C:\Users\ユーザー名\Documents\CELSYS\CLIPStudioCommon\Material
お手数ですが、よろしくお願いいたします。