PCの電源を切ると とご記載いただきましたが、CLIP STUDIO PAINTを
起動したままPCをシャットダウンしたり、CLIP STUDIO PAINTの終了時に
[動作を停止しました]等のエラーメッセージは出ましたでしょうか。
CLIP STUDIO PAINTでカスタマイズした内容は、CLIP STUDIO PAINTの
終了時に正式に保存されます。
そのため、もしCLIP STUDIO PAINTが不正終了等した場合は、
カスタマイズ情報が残りません。
お手数ですが、再度CLIP STUDIO PAINTを起動して、何か一つショートカット設定を変更し、
CLIP STUDIO PAINTを終了させてからPCを再起動した際に、設定内容が
保持されているかどうかご確認ください。