左手デバイスのショートカットを「alt」キーではなく「Ctrt＋Shiht」にしていたのが原因でした。
ですがCtrt＋Shihtもクリスタの「修飾キー設定」で「オブジェクト」ツール使用時には「共通：ツールを一時変更：レイヤー選択」にしていましたが、「共通」の設定が反映されないのか先に述べたレイヤーを追加選択する状態になっていました。
こちらを「共通」ではなく「ツールの一時変更：レイヤー選択」にすると狙った機能になりましたので、ご報告させて頂きます。
また「オブジェクトツール」使用時の「修飾キー設定」で「Shift：ツール補助操作：追加選択」になっていますがShiftを押しながら選択しても追加選択にはならず、「Ctrt＋Shiht：共通：ツールを一時変更：レイヤー選択」でCtrt＋Shihtを押しながらキャンバスをクリックすると追加選択になりました。
条件がよくわかりませんが「修飾キー設定」の「共通」の設定が反映されない事があるので、個別に割り振ると解決するようになります。
今回の最初の質問については回避方法がありましたので自己解決できましたが、パッチ製作の一助になればと思います。
ありがとうございました。
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・同時に起動いただいているアプリケーションなどございましたら、
そちらの製品名をお知らせください。
・修飾キーの操作は、お使いのPCに付属のキーボードのキーを押して
操作していただいている状況でよろしかったでしょうか。
・Ctrlを押しながらレイヤーを複数選択する時と同じ挙動になるとのことですが、
[レイヤーの選択]サブツールの修飾キー設定にて[Ctrl:]に[追加選択]を割り当て
られている状況になりますでしょうか。
・[ファイル]メニュー→[新規]から新規キャンバスを作成後、
ラスターレイヤーを2枚作成してそれぞれに描画を行っていただき、
同様の現象が発生するかお知らせください。
お手数ですが、よろしくお願いいたします。