ちょっと話がかみ合ってないようなので、問題発生の手順を説明しますね。
Metasequoia4で３Ｄを作成し、objで保存。
CLIP STUDIO COORDINATEでobjファイルを開いてc2fcで即保存。
CLIP STUDIO PAINTにc2fcファイルをドラッグ＆ドロップして素材登録。
３Dデッサン人形を読み込んでその上に素材登録した３D小物をドラッグ＆ドロップすると別レイヤーに…
という流れです。
COORDINATEを通さず、直接objファイルをPAINTで読み込んで素材登録した場合も同様の現象が起きます。
一応素材のデータをアップしました。（流出しても特に問題ないです）
バージョン情報→ COORDINATE 1.1.6 Metasequoia4 4.4.2(64bit)
Metasequoia4 保存画面
COORDINATEはまだインストールしたばかりで、ユーザーガイドとにらめっこしてる段階で操作はできませんｗ
確認よろしくお願いします。
[ヘルプ]メニュー→[バージョン情報]をご確認いただき、以前の
バージョンをお使いの場合には、こちらのページから最新版に
アップデートを行っていただき、再度素材の登録をお試しいただけ
ますようお願いいたします。
なお、上記の点をご確認いただいても改善がない場合には、
こちらでも詳細を確認させていただければと思いますので、
お手数ですが、以下のデータ便サービスで下記のファイルを
アップロードしていただき、ファイルのダウンロード用のURLを
お知らせください。
・Metasequoiaから書き出していただいたファイル
・Metasequoiaから書き出していただいた際のエクスポート画面の
スクリーンショット
・COORIDNATEから現象の発生しているデータをc2fc形式で保存いただき、
保存されたc2fcファイルをお送りください。
■データ便
[ライトプラン]をご利用ください。
100MBまでのデータを無料で送信することができます。
１．[・データ便]が選ばれていることをご確認の上、[ファイルの選択]にファイルを
ドラッグ＆ドロップするとデータのアイコンが表示されます。
同じ操作で複数のファイルを追加することもできます。
有効期限、パスワード設定、ダウンロード通知はそのままでご利用ください。
２．[利用規約に同意する]チェックボックスを有効にして[アップロード]ボタンを
クリックすると、データのアップロードが開始されます。
データの量、ネットワーク回線の状態によってお時間がかかることがありますが、
アップロード中 はそのままお待ちください。
３．「ファイルアップロード完了]メッセージが表示されたら[URL取得画面へ]ボタンを
クリックします。
４．「ダウンロードURL」欄にお客様がアップロードしたデータ専用のダウンロードURL
が表示されますので、[COPY]ボタンをクリックして、以下の宛先までメールにて
送信してください。
[短縮URLの発行]から[作成]ボタンをクリックすると、短縮されてメールなどに貼り
付けやすいアドレスに変換することもできます。
宛先
・セルシスユーザーサポート
・tech@celsys.co.jp
・「要望・不具合：78446」と記載をお願いいたします。
・また、メール本文にお使いのMetasequoiaのグレードとバージョンを併せてご記載ください。
※お送りいただいたデータは不出管理させていただき、データ検証など完了次第、
速やかにローカル及びサーバー上からも削除いたします。
お手数ですが、よろしくお願いいたします。