横から失礼します。
コミスタを持っていてコミスタのページファイルにトーンを貼りそれをクリスタで開き素材登録すると
質問のような状態になります。また、そのままの状態で選択範囲を作りそこにコミスタから移行したトーンを
貼ると選択範囲を無視して用紙全体に貼られます。
回避策としてはコミスタから移動したページファイルのレイヤーパレットにあるトーンのマスクを削除して登録。
http://blog.livedoor.jp/u0uuw-clip.kowza/archives/42381777.html
ただし、この方法はサポート対象外で自己責任。
コミスタを持っていてページにトーンを貼って移動している場合ね。
参考まで。