塗りつぶしが出来ない

該当のサブツールのサブツール詳細の開き、左下にある
[全設定を初期設定に戻す]をクリックして初期設定に戻してください。

戻したら動作をご確認ください。

初期化は試しました。
最初は初期化で直ったのですが、一度閉じてもう一度開いたらまた同じ現象になり、初期化しても変わらないです。
ちなみに、再インストールしてみても、変化なしでした。

サブツールパレットで、該当のサブツールをご確認ください。

ストロークプレビューの右側にスパナのマークは付いて
いませんでしょうか。
その場合は、該当のサブツールにロックがかかっています
ので、サブツールの上で右クリック→[ロック]をクリック
してチェックを外していただき、動作をご確認ください。

ロックを解除後に初期化して動作をご確認ください。

それも確認済みです。
レイヤーなど関係なく、一枚レイヤーでも線画関係なく全体塗られてしまうみたいです。

特定のサブツールだけではなく、すべてのツールがインストール
直後の状態に戻りますが以下の手順でツールの初期化起動を行ってください。

■CLIP STUDIO PAINTのツール初期化起動
１．CLIP STUDIO PAINT が起動している場合は、一旦終了します。

２．CLIP STUDIOを起動します。

３．[Shift]キーを押しながら、[CLIP STUDIO]のクイック起動内の
　　[PAINT]クリックします。

４．[初期化起動]画面が表示されますので、[ツール]のみに、
　　チェックを付け[OK]ボタンをクリックします。

５．CLIP STUDIO PAINTが起動しますので、動作をご確認ください。


お客様にてすでに色々とご確認をされていらっしゃいますので、ご確認を
頂きましたご内容については、初回のお問い合わせ時にご記載頂けますよう
ご協力をお願いいたします。

他にご確認済みの内容がございましたら、お知らせください。