ご要望をいただき、ありがとうございます。
トンボは、書き出し後は作品の仕上がり範囲内には表示されないように
なっておりますので、仮に同一レイヤー上にトンボがある場合も、
印刷時には影響はございません。
そのため、レイヤーを統合して書き出す場合、トンボも含めて
一枚のレイヤーにまとまります。
※この点はComicStudioも同様です。
ご要望を検討するにあたり、トンボのみレイヤーが分かれていた方が良い
ケースなどございましたら、参考のためにご記載いただけると幸いです。
お手数ですが、ご確認をお願いいたします。