[クラウドデータの完全同期]は作品/素材の完全同期を行うコマンドですが、
下図のソフトウェアリカバリーから復元した場合に、設定が反映されませんでしょうか。
ご記載いただいた内容は、本来ならすべてソフトウェアリカバリーで
反映されますので、もし反映されていないという場合、一度PCを再起動いただいてから、
CLIP STUDIOの歯車アイコン→[ソフトウェアバックアップ]を再度お試しください。
この際、[通信管理]画面で下図のようにソフトウェア設定のアップロードに
成功している事をご確認ください。
タブレットPCの方も再起動し、CLIP STUDIOのクラウドアイコンから
[ソフトウェアリカバリー]を選択し、上記でバックアップした日時のものを
復元してください。
こちらも、通信管理でソフトウェア設定の復元が完了したことを確認した上で、
CLIP STUDIO PAINTを起動して下さい。
お手数ですが、よろしくお願いいたします。