ご返信ありがとうございます。
・お使いのCLIP STUDIO PAINTのバージョン：
EX 1.4.2
・お使いのPCの型番とメーカー名：
HP Pavilion dv6-6c00
・お使いの液晶タブレットの型番とメーカー名：
Cintiq 13HD DTK-1300/K0
・インストールいただいているタブレットドライバのバージョン：
Windows V6.3.13-w3Jwi
（デスクトップセンター経由で常に最新版を使用しています）
・液晶タブレット以外にPCに接続いただいている周辺機器など
ございましたら、そちらの製品名とメーカー名をお知らせ下さい。
USBマウスのみです。
Kensington Orbit Optical Wired USB Trackball Mouse
・以前に別のペンタブレットをお使いだった場合には、そちらの
型番とメーカー名をお知らせ下さい。
Wacom Intuos4 PTK-640/K3
・ご記載のOSにWindows 7とWindows 8.1と記載いただいおりますが、
複数の環境にて同様の現象が発生している状況になりますでしょうか。
8.1のほうはタブレットPCでして、液晶タブレットを接続せず
シングルディスプレイとして使っていますので現象は発生していません。
紛らわしい書き方でした。申し訳ないです。
以下、スクリーンショットです。ただし、
＊ダイアログをサブディスプレイに移動いただいている状態の画面
については Win+Shift+矢印キー で一瞬で移動完了してしまいますので画像はありません。
画像サイズが大きいのでこちらの判断で縮小してしました。原寸が必要でしたらメールいたします。
ツール設定を表示してみました。このあと Win+Shift+矢印キー で液晶タブレット側に表示させました。
＊ダイアログを閉じていただいた状態の画面
＊ダイアログを再表示いただいた状態の画面
（参考）クリスタ起動直後の状態 色分けしてみました。ツールプロパティだけが液タブに表示されています。
（参考）クリスタ起動直後に新規を選択した場合 新規ダイアログは前回起動時の表示ディスプレイを覚えているようです。
ざっくり見ましたが、おそらくすべてのダイアログが最後に表示されたディスプレイを覚えているのではないかと思います。
ただ、新規ダイアログや書き出しダイアログは、液タブに移動させてからも
たびたびメインディスプレイに表示されていた気がしますので、
バージョンアップ後などはダイアログ位置がリセットされているのかもしれません。
参考になれば幸いです。
現在、各ダイアログをサブディスプレイ側に移動した状態で
再度ダイアログを表示いただいたも、メインディスプレイ側に
表示される状況になりますでしょうか。
こちらでも詳細を確認させていただければと思いますので、
お手数ですが、以下の情報をお知らせください。
・お使いのCLIP STUDIO PAINTのバージョン：
・お使いのPCの型番とメーカー名：
・お使いの液晶タブレットの型番とメーカー名：
・インストールいただいているタブレットドライバのバージョン：
・液晶タブレット以外にPCに接続いただいている周辺機器など
ございましたら、そちらの製品名とメーカー名をお知らせ下さい。
・以前に別のペンタブレットをお使いだった場合には、そちらの
型番とメーカー名をお知らせ下さい。
・ご記載のOSにWindows 7とWindows 8.1と記載いただいおりますが、
複数の環境にて同様の現象が発生している状況になりますでしょうか。
・以下の状態で画面全体のスクリーンショットを取得いただき、
こちらまで送付をお願いいたします。
＊ダイアログをサブディスプレイに移動いただいている状態の画面
＊ダイアログを閉じていただいた状態の画面
＊ダイアログを再表示いただいた状態の画面
■スクリーンショットの取得手順
１．キーボードの[PrintScreen]または[Prt Sc]とキートップに表示されて
いるキーを押します。
２．Windowsのスタート画面から[ペイント]を選択します。
※一覧に表示されない場合は、スタート画面を表示し、左下の
下向き矢印をクリックします。
３．[ペイント]というアプリケーションが起動します。
４．左上の[貼り付け]ボタンをクリックします。
５．[PrintScreen]キーを押したときの画面のイメージが貼り付けられます。
６．[ファイル]メニューから[上書き保存]を選択し、デスクトップなど適当な
場所にファイルを保存します。ファイル形式はJPEGなどを選択してください。
お手数ですが、よろしくお願いいたします。