作品データーの保存場所は起動ディスクの書類内にしてます。
上書き保存の方法はファイルメニュー、ツールバー、書類を閉じて「変更されています」のアラートからの保存いずれも機能しません。
（アラートにいたっては保存しないもしくはキャンセルを選択しない限り、アラート自体が消去しません）
保存場所はどこにしようとも（デスクトップを含む）上書き保存はされません。
保存時にエラー等の表示は一切されませんのでスクリーンショット自体撮影出来ないのでこれは割愛させて貰います。
前回の投稿時から色々試してみたことも追記しておきます。
Time Machineから正常に作業出来ていた環境を再現しても同様の症状であったと報告しましたが、正常に作業出来ていた当時の書類を開いて作業→上書き保存をすると上書き保存が可能でした。
OS Xを10.8から10.10にアップデートをして試してみたところ、上書き保存が出来ていなかったアカウントは相変わらず上書き保存が出来ませんでした。
（移行アシスタントによる環境の再現によるアカウントです）
これは別アカウントでは普通に上書き保存が出来ております。
大変遅くなりましたが、可能であればかなり不便をしているので問題解決に当たって頂けたら幸いです。
お手数ですが、以下の点についてお知らせ下さい。
・作品データの保存場所：
・上書き保存時の手順は、[ファイル]メニュー→[保存]から
実行いただいている状況でよろしかったでしょうか。
・作品データの保存場所をデスクトップに変更いただいても
同様の現象は発生しますでしょうか。
・上書き保存時にエラーが表示される場合には、そちらの
エラーが表示されている状態で画面全体のスクリーンショット
を取得いただき、こちらまで送付をお願いいたします。
なお、スクリーンショットの取得手順は下記の通りとなります。
１．[Command]＋[Shift]＋[3]キーを同時に押します。
（この場合、テンキーの[3]キーではなく、文字キーの[3]キーを使います。）
２．デスクトップに「ピクチャ 1」などの名前の画像ファイルが生成されます。
お手数ですが、よろしくお願いいたします。