CLIP STUDIO PAINTのカスタマイズ情報は、CLIP STUDIO PAINTを
終了した際に設定として保存されますので、正常に終了していないか、
設定保存がうまく行っていない可能性があります。
お手数ですが、下記についてご確認いただけますでしょうか。
・ショートカット設定や、ブラシ設定等の、他の項目をカスタマイズした場合、
それらも再起動時に反映されないかどうかご確認ください。
・普段CLIP STUDIO PAINTを終了する際、どの手順で終了しているか
お知らせください。
例:右上の[×]ボタンから終了している など
・セキュリティソフトに引っかからなかったとご記載いただきましたが、
セキュリティソフトを停止した場合に改善しなかった状態でしょうか。
お手数ですが、ご確認をよろしくお願いいたします。