CLIP STUDIO PAINTでは、白い下地としての[用紙]レイヤーが
存在するため、[画像を統合]でレイヤーを統合した場合、
この白地も一緒に統合されてしまいます。
そのため、今後は用紙レイヤーを非表示にしてから[レイヤー]メニュー→
[表示レイヤーを結合]して用紙を再表示するか、レイヤーを複数選択した上での
[選択中のレイヤーを結合]をお試しください。
すでに白地と統合してしまったレイヤーについては、[編集]メニュー→
[輝度を透明度に変換]を選択して透過処理をお試しください。
お手数ですが、ご確認をよろしくお願いいたします。